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欧博allbet使用lefse与metastats寻找宏基因组数据中的biomarker

时间:2024-09-27 01:20来源: 作者:admin 点击: 89 次
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1:lefse在线分析网址:(建议使用在线分析)

   metastats分析网址:


2:以上两个软件都都可以实现在线和本地化分析。metastats软件只能进行两个分组比较,欧博allbetlefse则可以实现多个分组之间同时比较,而且还设计到分组比较的内部进行亚组分析比较。更加准确,精度更高,推荐使用。


3:文献:

2011-Metagenomic biomarker discovery and explanation()


4:简单原理介绍:linear discriminant analysis (LDA) effect size (LEfSe)


&690

输入:矩阵文件可以是16s OTU 可以基因表达数据

每一行代表一个物种(OTU或gene_iD ,每一列为一个样本)


step1:先进行两组之间比较,欧博百家乐或者多组之间两两比较选出差异的待选marker(统计方法:)


step2:分别比较两组之内的亚组进行差异比较,同样存在差异一致性定义为最终marker

&690


5:分析可以分为严格和不严格,严格是指所有分类两两比较都有差异,不严格是指只要有两个分类有差异就把这个分类挑选出来


6:目前可以将qiime的输出结果biom格式的文件加上fastmap.txt文件作为输入就可以得到微生物的分类信息,这样的程序已经被牛人写成python,大家可以在https://github.com/twbattaglia/koeken,以及https://pypi.python.org/pypi/pannenkoek/0.1.5以上两个程序都可以


7:需要说明一点两个程序都涉及到一个参数spl,这个参数必须有,你可以在fastmap.txt文件中设置一个分组例如:Data 后面分组到信息都一样就可以了比如都写成数字2016,实际貌似这是个取样时间都参数




(责任编辑:)
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