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计算机辅助药物设计跟分子动力学模拟（MD）是密不可分的。在docking之前，很多人会想用MD来把同源建模预测的蛋白质结构优化一下，docking之后，又可以用MD来进一步优化docking的pose以及计算free binding energy。想做MD模拟吧？担心MD软件很难用？在这里，我向大家推荐一款非常容易操作的免费MD软件Desmond（可以完全在图形化介面操作的）。从load你的蛋白到开始MD可以在5分钟内开始。 前一阵子去参加了一个Schrodinger组织的培训，他们介绍了由D. E. Shaw Research公司() 开发的相对较新的分子动力学模拟软件Desmond。D. E. Shaw Research公司是由其首席科学家David Shaw 独资的以基础科学研究为主的公司，David Shaw早年曾创建并经营金融公司，收入不菲，如今David Shaw已退出金融公司的管理，把其每年分红的很大一部分用于建立D. E. Shaw Research公司，在D. E. Shaw Research公司主页上可以看到其完整的科研队伍。不得不佩服David Shaw为科学无私奉献的精神。 Desmond采取跟Schrodinger紧密合作的方式来开发自己的软件，借用了Schrodinger的Maestro平台，使得Desmond的使用既可以通过自己的命令方式来运行，又可以完全通过Maestro图形介面来进行。D. E. Shaw Research向Schrodinger几乎免费提供Desmond，而D. E. Shaw Research又同时给非商业用户提供免费的Desmond。 Desmond的主要特征： 1.免费软件，Linux平台，高速，准确（速度是不错，准确与否还是要通过大家自己的评测哦）。 2. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等微观。 可以并行至上千CPU。单机multi-core CPU并行也很好用。模拟体系较NAMD小，本人只试用了几万个原子的蛋白小分子体系。2. 软件所属的类型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等全原子MD。 3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？ 主要应用与生物体系，如膜蛋白，小分子等。可以使用不同的力场，如CHARMM, AMBER, and OPLS. 根据教程来看，Desmond对膜蛋白的模拟非常的重视，其自带工具可以很方便的构建膜蛋白模拟体系，当然，也可以动过VMD来建立模拟体系。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴跟大多数MD软件理论基本一样，Explicit solvent simulations with periodic boundary conditions using cubic, orthorhombic, and triclinic simulation boxes。Smooth particle mesh Ewald method for accurate and efficient evaluation of long-range electrostatics。NVE, NVT, NPT, NPAT, NP©T ensembles with Berendsen, Langevin, or Nosé-Hoover thermostats, and Berendsen, Langevin, or Martyna-Tobias-Klein barostats。他们在不断的更新和开发新的功能，也强调跟别的MD软件（如Amber）兼容格式。 5.软件主要包含的处理工具 Desmond的结果可以通过VMD来分析或Schrodinger Maestro分析。在其公司主页上还有另外两个MD结果分析软件下载。 6.与此软件密切相关的软件 VMD， Maestro Desmond含Maestro可视化操作界面2012版，Linux系统64位。下载地址： Desmond_Maestro_2012.tar(867.87MB) Desmond, schrodinger, maestro, 分子动力学, Desmond, schrodinger, Desmond, schrodinger (责任编辑：) |
